最終“國際航空運輸過境協定”被多數參會國簽署，并于1945年6月30日生效。而“國際航空運輸協定”只有29個國家簽署，正式生效的國家有17個，隨后到1947年底包括美國和中國在內的8個國家退出。多數國家沒有簽署的原因在于其授予了第5航權。隨后大會提出了一份文件，試圖加入到大會的最后文件中，以便在沒有多邊商業航空協議的情況下國際社會順利開展國際航空運輸活動。

最后成為大會通過文件中的也稱為芝加哥模式協議，該模式的主要內容是一國航空公司進入另一國家運營需要該國的授權，以及有關適航、收費和航油、備件及機載物品等的稅費問題和法律適用等內容。與此相對的是英國模式協議，它還對航線、運力和運價做了規定。芝加哥大會上還有一個爭論激烈的領域就是航空公司的控制權。最初的芝加哥公約文本中有一條“航空公司國籍”，規定只要航空公司滿足由其所在國國民多數所有權和實際控制，一成員國就應授予該航空公司權利。隨后的第一次修訂稿修改為：每一成員國在任何情況下有權取消和撤回對另一成員國航空公司的許可，即使該航空公司滿足由其所在國民多數所有權和實際控制。

第二修訂稿則修改為：每一成員國有權取消和撤回對另一成員國航空公司的許可，只要該航空公司不滿足由其所在國民多數實際控制。”這個修改是在加拿大的提議下做出的。這一變動，實際上更加強化對多數控制權的認定、因為國籍就是一個公司注冊的問題，但沒有絕對明確的聯系。英國支持進行嚴格的多數控制限制，防止虛假的航空公司，認為國際所有權可以為小國從事國際航空運輸提供便利，建議國際干線的運營可以采用國際所有權。巴西反對澳大利亞和新西蘭國際所有權的提議，認為這不是一個新的建議，早在1932的裁軍會議上，法國和西班牙就提出過航空運輸國際化的問題。巴西認為航空運輸國際化的時機并不成熟，或者說這樣的時機永遠也不會有。解決人類沖突的途徑不是國際化，國家是所有經濟和精神的人類活動的必要基礎。加拿大贊同對國際航空運輸的國際規制，但反對國際所有權。代表團認為很多小國沒有能力和資源建設自己的航空運輸業，它們只能借助資本和技術。為了保護本國不受盤剝，這些國家也制定了這些外國公司從法律上看構成了該國的公司，而認定航空公司國籍的問題是一個主權國家的權利，因此只要一家航空公司按照所在國法律組建，其國籍就不應被質疑。它建議滿足所有權和實際控制權的一個比例。第三稿又回到第一稿的內容上。但由于各國在國際組織介入國際航空運輸上的立場差距很大，有關經濟內容沒有列入到公約的最后文本中，但關于航空公司所有權和實際控制權的討論深深影響了以后的航空運輸協定。

當時中國國民政府派出了一個規模較大的代表團，有正式代表3人，顧問1人，專家8名，秘書5人，新聞聯絡官1人。由前交通部長張嘉嗷“任團長。代表團在向大會提交的提案中也提出了有關過境權和商業航空權的看法，認為在確保主權和安全的前提下，中國急于歡迎大量的和高效的外國航空服務擴展至全國。過境權和商業航空權的授予應在適當的規定下進行。

認為過境權應以對商業進入權利的相互滿意理解為基礎，無論是定期航班還是非定期航班的過境都應按照過境國指定的航線，改變指定過境航線應事先通知；國際航空運輸服務下的商業進入航線都應由所在國指定，指定應遵循待遍；外國航空公司應遵守進入運營國的法律，出于國家安全原因，一國可以在提前通知后，臨時暫停過境權和商業進入權。當時中國政府的建議沒有要求進入一國的定期過境和商業進入需要該國的特別許可，基本立場還是認為商業進入權利應在合理自由的條件下，認為國家不應構成對國際航空運輸發展的限制，現有出于安全原因采取的必要措施應逐步放松，以便擴大航空自由飛行范圍。